主人公は、魔法が普通に現代の世の中に溶け込んでいる【魔法使いに大切なこと】の世界に生きる女子高生。時間を操る魔法を遣う事が出来る。
主人公が住む町には、かつて忍者の学校があったと伝えられており、仲間を裏切って殺人鬼と手を組んだ忍者【裏切り者の伊作】を夏休みの宿題のテーマに選んだ。
伊作は、なぜ仲間を裏切ったのか？なぜ殺人鬼と手を組んだのか？それを知るため、魔法で過去に遡った主人公は、ある事件に巻き込まれて大怪我を負ってしまう。主人公はある少年に助けられ、一命を取り留めたのだが……。